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Cet article a été publié dans le Journal of the American Medical Association (JAMA) le 27 mai 2020 avec une correction le 1er juin.

L'article est publié en anglais, qui peut être lu en cliquant sur ce lien.

Ci-dessous, ma traduction en français pour ceux qui préfèrent ça.

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COVID-19 en 2022 : le début de la fin ou la fin du début ?

Carlos del Rio, MD; Preeti N. Malani, MD, MSJ

Maintenant dans la troisième année de la pandémie de coronavirus, bien après la poussée de la variante Omicron, aux États-Unis et dans le monde, le nombre de cas quotidiens avait diminué à son plus bas niveau en plus de 6 mois. Alors qu'il semblait que le SRAS-CoV-2 se dirigeait vers l'endémicité, les infections aux États-Unis augmentent à nouveau en mai 2022, et le nombre de cas signalés est probablement une sous-estimation grossière des infections réelles, car de nombreuses infections ne sont pas signalées avec l'augmentation des tests à domicile. Plusieurs facteurs contribuent à expliquer les tendances actuelles : l'émergence de la sous-variante BA.2 d'Omicron et de la sous-variante plus récemment identifiée appelée BA.2.12.1, la durabilité limitée de la protection contre l'infection à la fois par la vaccination et l'infection antérieure, et la levée des mandats ( telles que l'utilisation de masques) et d'autres restrictions à travers le pays.

Sous-variantes d'Omicron

Après que la variante Omicron (BA.1) a été identifiée pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2021, elle s'est rapidement propagée dans le monde entier, surpassant d'autres variantes et devenant rapidement la variante prédominante dans de nombreux pays, dont les États-Unis.1 Depuis lors, plusieurs lignées et sous-lignées ont émergé. . Les plus courants sont actuellement BA.1, BA.1.1, BA.2 et BA.2.12.1.

Le nombre effectif de reproduction de la variante BA.2 est 1,4 fois supérieur à celui de BA.1.2. Son aptitude virale est due à 53 mutations, dont 29 dans la protéine de pointe. Les manifestations cliniques de l'infection BA.2 sont similaires à celles de BA.1, avec des symptômes légers des voies respiratoires supérieures (tels que mal de gorge et pharyngite) étant fréquents. En outre, de nombreux patients signalent des symptômes gastro-intestinaux (par exemple, diarrhée, nausées et vomissements) ainsi que des symptômes non spécifiques (par exemple, douleurs musculaires, maux de tête, congestion nasale et fatigue).

Identifié pour la première fois à New York, BA.2.12.1 est désormais la variante dominante aux États-Unis. Au 25 mai 2022, environ 58 % des isolats de SRAS-CoV-2 séquencés étaient BA.2.12.1. Cette sous-variante a des mutations de pointe supplémentaires S704L et L452Q en plus du fond BA.2. La mutation L452Q avait déjà été observée dans les variantes Delta et Lambda et permet au virus de se fixer plus étroitement au récepteur de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 et de devenir ainsi plus transmissible.3 Une infection antérieure par BA.1 semble offrir une immunité croisée minimale contre BA.2.12.1, ainsi les personnes infectées par Omicron avec BA.1 peuvent également être infectées par BA.2.12.1.4

Deux autres variantes, BA.4 et BA.5, ont récemment émergé en Afrique du Sud et en Europe et ont été identifiées comme variantes préoccupantes sous surveillance par l'Organisation mondiale de la santé. Comme les autres sous-variantes d'Omicron, BA.4 et BA.5 semblent être significativement plus transmissibles que les variantes précédemment identifiées (pré-Omicron). Alors que les expériences suggèrent qu'au moins une partie de l'avantage concurrentiel de BA.4 et BA.5 pourrait être due à des différences de réplication virale, d'autres facteurs tels que l'évasion immunitaire ou la transmissibilité intrinsèque pourraient également contribuer aux différences observées dans les taux de croissance épidémique.

Comme pour BA.2.12.1, les individus précédemment infectés par une variante antérieure d'Omicron (BA.1) ne semblent pas bien protégés contre l'infection par BA.4 et BA.5. Heureusement, BA.4 et BA.5 ne semblent pas provoquer une maladie plus grave que les variantes précédentes. Aux États-Unis, BA.2 et BA.2.12.1 restent les variantes dominantes à la mi-mai 2022, mais il est probable que davantage de cas résulteront d'une infection BA.4 et BA.5 à l'approche de l'été et à mesure que davantage de cas sont importés d'Afrique du Sud et d'Europe. En résumé, depuis l'émergence d'Omicron, le SRAS-CoV-2 devient rapidement beaucoup plus efficace dans la transmission et plus susceptible d'échapper à l'immunité.

Contrôler la propagation du COVID-19

Alors que la vague initiale d'Omicron reculait aux États-Unis, les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) ont lancé le 3 mars 2022 l'indicateur COVID-19 Community Level, un nouvel outil pour aider les communautés à décider des mesures de prévention à prendre. Les niveaux peuvent être faibles, moyens ou élevés en fonction de l'utilisation des lits d'hôpitaux, des admissions à l'hôpital et du nombre total de cas de COVID-19 dans une communauté. Lorsque l'outil a été lancé pour la première fois, plus de 90 % de la population américaine vivait dans des endroits avec un niveau communautaire COVID-19 faible ou moyen où le masquage intérieur n'était pas considéré comme essentiel. Au 25 mai 2022, lorsque les cas de COVID-19 signalés quotidiennement augmentent et approchent les 100 000, environ 9,2 % des comtés se situent au niveau communautaire élevé.5 Cela contraste avec l'indicateur de transmission communautaire du CDC dans lequel plus des deux tiers des les comtés des États-Unis sont au niveau de transmission élevé. L'existence de 2 mesures CDC différentes qui fournissent des informations presque opposées ajoute à la confusion et rend les recommandations sur l'utilisation d'interventions non pharmacologiques, telles que le masquage, plus difficiles. De plus, se concentrer sur la mesure des niveaux communautaires COVID-19 contribue au mythe selon lequel la pandémie est terminée, ce que tout le monde veut croire vrai mais ce n'est certainement pas le cas.

Étant donné que de nombreux endroits ne nécessitent plus de masquage, les personnes qui souhaitent se masquer se demandent quoi faire et si le masquage à sens unique (porter un masque alors que les personnes environnantes ne sont pas masquées) offre une protection. Les données suggèrent que le masquage unidirectionnel est toujours efficace mais que pour une protection maximale, la personne doit porter un masque de haute qualité et bien ajusté tel qu'un N95 ou un KN95.6 Cependant, on estime que 60 % des masques KN95 disponibles dans le Les États-Unis se sont révélés inférieurs aux normes ou contrefaits lors d'évaluations menées en 2020. Les KN95 ne répondent pas aux normes du National Institute for Occupational Safety and Health (NIOSH). Les respirateurs approuvés par le NIOSH ont une étiquette d'approbation sur ou à l'intérieur de l'emballage du respirateur et, pour la plupart, ont des bandeaux au lieu de boucles d'oreille.

Rappels de vaccins COVID-19

Les mutations présentes dans Omicron et ses sous-variantes ont été associées non seulement à une transmissibilité accrue, mais également à une évasion immunitaire à la fois de la vaccination et de l'immunité après l'infection. L'immunisation primaire avec 2 doses de vaccins à ARNm offre une protection limitée contre la maladie symptomatique causée par Omicron qui augmente considérablement après un rappel.7 Les vaccins à ARNm offrent un degré de protection similaire contre BA.1 et BA.2, bien que la protection contre l'infection et la maladie symptomatique diminue dans mois d'une troisième dose8. En revanche, la protection associée au vaccin contre les maladies graves, y compris l'hospitalisation et le décès, reste durable.

Compte tenu de la diminution de la protection contre l'infection symptomatique, une quatrième dose de vaccin à ARNm chez les personnes à haut risque (personnes âgées et fortement immunodéprimées) a été proposée comme stratégie préventive. Les données d'Israël suggèrent qu'une quatrième dose est associée à un risque plus faible d'infection symptomatique, d'hospitalisation, de maladie grave et de décès chez les personnes âgées, mais n'a que des avantages marginaux chez la plupart des personnes pour lesquelles la protection contre la maladie grave demeure après une série primaire et une troisième dose .9 Actuellement, une quatrième dose de vaccin est recommandée par le CDC uniquement pour les personnes de plus de 50 ans qui ont reçu leur rappel il y a au moins 4 mois et celles de 12 ans et plus qui sont modérément ou gravement immunodéprimées et qui ont reçu leur rappel il y a au moins 4 mois. mois avant. Comme c'est le cas avec d'autres vaccins, l'objectif de la vaccination contre le COVID-19 est de protéger contre les maladies graves, et non de prévenir toutes les infections. Cependant, il est de plus en plus clair qu'avec Omicron et ses nombreuses sous-variantes, la protection contre les maladies graves nécessite 3 doses d'un vaccin à ARNm, ce que le CDC a qualifié de "à jour". Cependant, moins de 50 % des personnes de plus de 12 ans et seulement 69 % de celles de 65 ans et plus ont reçu une troisième dose de vaccin.

De nouvelles données suggèrent qu'une infection antérieure au COVID-19 offrait une protection robuste contre les variantes Alpha, Beta et Delta, mais une protection limitée contre Omicron. Cependant, la combinaison d'une infection antérieure par le SRAS-CoV-2 et d'une vaccination («immunité hybride») semble conférer la plus grande protection contre une infection symptomatique bien que cliniquement, des infections répétées soient fréquemment observées.

Thérapeutique

Avec la disponibilité accrue d'agents antiviraux et d'anticorps monoclonaux efficaces pour le traitement du COVID-19, l'administration Biden a lancé une nouvelle initiative appelée Test to Treat en mars 2022.10 Pourtant, le programme a été sous-utilisé en raison d'obstacles logistiques, tels que la nécessité de initier le traitement dans les 5 jours suivant l'apparition des symptômes, et les préoccupations pratiques, telles que les interactions médicamenteuses graves, la nécessité d'une posologie en fonction de la fonction rénale et la tératogénicité potentielle. Rendre les tests COVID-19 facilement disponibles ainsi qu'un lien rapide avec les ressources de traitement nécessitera des efforts considérables et une infrastructure durable. La planification doit garantir que ces ressources sont facilement accessibles aux personnes qui ne sont pas connectées au système de soins de santé.

De plus, comme le nirmatrelvir/ritonavir est de plus en plus prescrit, des rapports de rechute, à la fois avec récurrence des symptômes et résultat positif au test antigénique, peu de temps après la fin d'un traitement de 5 jours sont décrits. Pour l'instant, on ne sait pas pourquoi ni à quelle fréquence cela se produit, mais ces observations justifient une surveillance au niveau de la population. De plus, il n'est pas clair si un traitement plus long (par exemple, 10 jours au lieu de 5) ou un traitement supplémentaire est indiqué après une rechute. Il convient de noter que les essais cliniques qui ont évalué à la fois le nirmatrelvir/ritonavir et le molnupiravir ont été menés chez des personnes non vaccinées présentant un risque élevé de maladie grave. En revanche, la plupart des personnes à qui on prescrit actuellement des antiviraux oraux ont été vaccinées. Ainsi, il n'existe actuellement aucune donnée sur l'efficacité ou la réponse au traitement chez les personnes vaccinées ; cependant, jusqu'à ce que les données soient disponibles, il est raisonnable de prescrire ces médicaments aux personnes infectées et à haut risque de COVID-19 sévère.

Conclusion

Alors que de nombreuses questions subsistent sur l'avenir de la pandémie, il est clair que le SRAS-CoV-2 ne sera pas totalement éradiqué. Cela signifie continuer à s'adapter à la vie avec le COVID-19 et reconnaître qu'au cours de la prochaine phase de la pandémie, il y aura des moments où la transmission communautaire sera faible et les précautions pourront être « réduites » et des moments où une transmission accrue nécessitera des efforts d'atténuation pour être "augmenté".

Si le COVID-19 évolue vers l'endémicité, il ne devrait pas perturber la vie quotidienne. Cependant, avec une transmission continue et avec environ 10 % à 30 % des personnes présentant de longs symptômes de COVID après l'infection, ce problème nécessitera une attention particulière pour mieux définir le syndrome et une intervention possible (comme l'étude de cohorte RECOVER aux National Institutes of Health ). Les données suggèrent que la vaccination peut réduire le risque de COVID long et donc continuer à se concentrer sur l'amélioration des taux de vaccination doit rester la pierre angulaire de la prévention et de l'atténuation du COVID-19 non seulement au niveau local, mais mondial.

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Auteur correspondant : Carlos del Rio, MD, Emory University School of Medicine, 49 Jesse Hill Jr Dr, FOB Room 201, Atlanta, GA 30303 (cdelrio@emory.edu).

Publié en ligne : 27 mai 2022. doi:10.1001/jama.2022.9655

Correction : Cet article a été corrigé en ligne le 1er juin 2022, pour corriger des informations incorrectes sur les masques KN95 dans le huitième paragraphe.

Divulgation des conflits d'intérêts : le Dr del Rio a déclaré avoir été co-chercheur principal au sein de l'Unité d'évaluation des vaccins et des traitements Emory des NIH/NIAID. Aucune autre divulgation n'a été signalée.

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